一、按公務人員因公涉訟輔助辦法第22條規定:「直轄市長、縣(市)長因自治事項涉訟之輔助事項,直轄市長由行政院決定之;縣(市)長由中央各該業務主管機關決定之。」該條文92年12月19日考試院會同行政院修正發布時,於修正條文對照表說明欄內載明略以:「一、……二、於地方自治事項範圍內,……;縣(市)長、縣(市)議會議長涉訟之輔助事項,其決定之權責機關為具有監督權限之中央各該業務主管機關,例如因辦理環保事項涉訟時,由行政院環境保護署決定之,又如因辦理營建事項涉訟時,由內政部決定之,以資明確。」是以,縣(市)長因自治事項涉訟之輔助事項,應參照上開說明認定該自治事項具有監督權限之中央業務主管機關,並由該主管機關決定之。至涉訟之自治事項如關係數個業務主管機關時,依行政程序法第13條規定,由受理在先之業務主管機關決定,不能分別受理之先後者,由各該業務主管機關協議定之,不能協議或有統一決定之必要時,由其共同上級機關指定管轄。無共同上級機關時,由各該上級機關協議定之。
二、次按涉訟輔助係以公務人員依法執行職務為前提,是決定機關之審查內容應以該公務人員所執行職務是否屬其權限範圍,准駁之標準應以其執行職務是否依法令規定為斷。