本會再申訴事件處理流程如下：
公務人員對於服務機關所為之管理措施或有關工作條件之處置認為不當，致影響其權益，於管理措施或處置達到之次日起30日內，向服務機關提出申訴，不服服務機關函復者，得於復函送達之次日起30日內，向本會提起再申訴。送於本會後，如所提事項非本會職掌，則以行政函復再申訴人，或函移有關機關辦理並副知再申訴人。如為本會職掌，本會受理後，先函請各機關於20日內將事實、理由及處理意見，並附有關資料，回復本會，再由保障處擬具處理意見，分案送請專任委員初審，並提保障事件審查會審查。於再申訴事件審理中，本會得依職權或依申請，指定副主任委員或委員1人至3人，進行調處。調處成立即製作調處書，並追蹤列管；若調處未能成立，再續提審查會審查，最後所有再申訴事件經由委員會議審議決定，期間得視案情需要，邀請再申訴人或有關機關派員至本會陳述意見或言詞辯論，本會亦得派員查證。本會所作之再申訴決定書及執行情形將刊登於考試院公報，並追蹤列管。