公務人員保障法部分條文修正案業經總統106年6月14日華總一義字第10600080021 號令公布，計修正條文27條，新增條文5條。其修正重點摘述如下：
一、 公務人員於停職、休職、留職停薪期間，仍具有公務人員身分；但不得執行職務。又上開人員於停職、休職、留職停薪原因消滅或期間屆滿，得依保障法申請復職。（第9條之1、第11條之1、第11條之2）
二、 公務人員辭職，要以書面申請，除非有危害國家安全之虞或法律另有規定之情形，服務機關或其上級機關即應准其辭職。（第12條之1）
三、 公務人員對於長官書面署名下達之命令，除非違反刑事法律，否則都應服從，其並可免負相關行政責任。（第17條）
四、 公務人員因執行職務發生意外導致受傷、失能或死亡時，服務機關應發給慰問金。（第21條）
五、 公務人員公法上財產請求權消滅時效期間，分為10年及2年：（第24條之1）
(一) 請求發給因執行職務發生意外導致受傷、失能或死亡發給之慰問金，及依法執行職務涉訟輔助之費用，請求權消滅時效期間為10年。
(二) 請求發給一般健康檢查之費用、加班費及執行職務墊支之必要費用，請求權消滅時效期間為2年。
六、 公務人員經機關駁回其依法申請之案件時，得提起復審，請求該機關為特定內容之行政處分。（第26條）
七、 復審事件也可以申請調處。（第85條至第88條、第91條）
八、 再申訴事件決定確定後，有再審議事由，也可以申請再審議。（第94條、第95條、第100條、第101條）
九、應公務人員考試錄取參加訓練之人員，除了不服保訓會所為之行政處分，依訴願法規定提起救濟外，均可準用保障法之規定，以保障權益。另對於參加訓練期滿成績及格而未獲分發任用之人員，也可準用保障法之規定。（第102條）